Это одно из особых грамматических свойств количественных числительных. См., в частности, учебник Е. И. Литневской:

«Количественные числительные характеризуются особой сочетаемостью с существительными.

Целые и собирательные числительные сочетаются с существительными следующим образом: в И. п. (и В. п. при неодушевленных существительных) числительное является главным словом и управляет существительным, требуя его постановки в Р. п. единственного числа (при числительных два, три, четыре) или множественного числа (при числительных пять и далее). В остальных падежах главным является существительное, а числительное с ним согласуется, например:

два (И. п.) стола (Р. п. ед.ч.)
двух (Р. п.) столов (Р. п. мн. ч.)
двум (Д. п.) столам (Д. п. мн. ч.)
двумя (Т. п.) столами (Т. п. мн. ч.)
(о) двух (П. п.) столах (П. п. мн. ч.)»

Запятыми разделяются однородные члены предложения, соединенные повторяющимися союзами. Следовательно, запятая нужна и перед первым союзом, если до него есть однородный член предложения.

Корректно с пунктуационной точки зрения: Чтобы злое наследие не выползало наружу, не раскрепощало дух, не делало его страстным, не хоти знать, какими были родители в прошлом, слышали тебя душевно или не слышали, а также не хоти иметь их учений.

У слова семинарист в русском литературном языке только одно значение: ученик семинарии. Как языковая игра такое употребление («семинаристы» в значении 'участники семинара') допустимо, но тогда обязательны кавычки, указывающие на использование слова не в своем обычном значении.

Вы смешиваете синтаксическую роль (в данном случае это действительно приложение) и синтаксическую связь (здесь это примыкание).

1. Между нарицательными именами существительными, сочетание которых выполняет определительную функцию при имени существительном, пишется тире: Система человек — машина; Отношения учитель — ученик; Проблема рыночные отношения — социальная справедливость. 

2. Если сочетание является официальным названием, то кавычки и заглавная буква уместны, ср.: Статья В. А. Сухомлинского «Педагог — коллектив — личность».

Деепричастный оборот даже не путаясь здесь не обособлен, потому что однороден наречию, выраженному обстоятельством связно. См. пункт 3 параграфа 71 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Оба варианта возможны, хотя предпочтителен здесь винительный падеж (не поменяла свои зеленые иголки), т. к. есть местоимение свои, указывающее на определенность объекта. Подробнее см. в «Письмовнике».

Указанная запятая нужна. См. "Справочник по пунктуации".