Предложение построено неудачно. Союз в том числе (и) употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на которые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части. В Вашем предложении этой самой предыдущей части нет. Ср. правильно построенные предложения с данным союзом:

Пришли все, в том числе и Мухин.

Многие сотрудники, в том числе Александр, сейчас работают дома.

В строгом смысле человек десять, в том числе и я, не стоили этого назначения.

Приведем некоторые варианты исправления: Задачей Фонда в числе многих других является формирование моральных ценностей человека. Одной из задач Фонда является формирование моральных ценностей человека.

Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина — преемник Правил русской орфографии и пунктуации 1956 года, это авторитетное и действительно более полное руководство по правописанию, чем Правила 1956 года. Но ни одно из названных изданий не является пособием по подготовке к ЕГЭ. Повышать уровень практической грамотности, расширять знания о системе правил, об орфографических и пунктуационных нормах, конечно, можно и нужно с помощью Справочника под ред. В. В. Лопатина. Также могут быть полезны словарно-справочные ресурсы «Академос» и «Орфографическое комментирование русского словаря». Для отработки навыков грамотного письма можно воспользоваться «Учебником Грамоты».

Установить нормативное написание слова можно по одному из словарных ресурсов. 

Нет, не всякие. Например, Д. Э. Розенталь описывает авторскую пунктуацию так: «С одной стороны, под этим термином понимаются особенности пунктуационного оформления текстов, носящие индивидуальный характер, присущие тому или иному писателю (набор применяемых им знаков, преимущественное использование одного из них, расширение функций этого знака), в целом не противоречащие принятым в данный период правилам.

С другой стороны, указанный термин трактуется как сознательное отступление от действующих норм пунктуации и особое применение знаков препинания в художественных текстах. Действительно, в печатных и рукописных текстах нередко встречается пунктуация, не подпадающая под принятые правила, но оправданная стилем, жанром, контекстом произведения» (Д. Э. Розенталь. Справочник по пунктуации. М., 1984. С. 244-245).

Согласно «Полному академическому справочнику» под ред. В. В. Лопатина, вместо дефиса должен употребляться знак тире в сочетаниях с приложением, если одна из частей содержит пробел, и в сочетаниях с приложением, если одна из частей в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис.

Таким образом, верно:  врач — детский кардиолог, врач — клинический миколог, заведующий здравпунктом — фельдшер, врач — акушер-гинеколог, врач — анестезиолог-реаниматолог, врач — сердечно-сосудистый хирург, медицинский оптик-оптометрист (слово медицинский относится к обеим частями названия специальности), провизор-стажер, врач — детский уролог-андролог, врач — судебно-психиатрический эксперт; заведующий структурным подразделением, отделом, отделением, лабораторией, кабинетом, отрядом (начальник структурного подразделения, отдела, отделения, лаборатории, кабинета, отряда и т. д.) медицинской организации — врач-специалист.

Правила 1956 года – тонкая книжечка, в которой невозможно было бы описать все возможные орфографические нюансы и трудности пунктуационного оформления. Если мы будем пользоваться только книгой «Правила русской орфографии и пунктуации», изданной в 1956 году, мы просто не сможем писать, редактировать и корректировать современные тексты.

Разумеется, если слова автора связаны с прямой речью, они будут оформляться по общим правилам. Речь идет о ситуации, когда такой связи нет (и это довольно редкий случай). По сути, то, что мы называем «словами автора», в этом случае является самостоятельным предложением, которое следует за прямой речью, но никак с ней не связано.

В слове трущоба суффикс не выделяется, хотя этимологический анализ показывает, что когда-то это слово было образовано с помощью суффикса -об- от не сохранившегося в современном языке слова труща ‘хворост, треск’ и обозначало ‘лес, заваленный хворостом, буреломом’. В современном языке прежние словообразовательные связи утрачены, трущоб- превратилось в единый корень.

Слово чащоба образовано от прилагательного с помощью суффикса –об-: част-ый → чащ-об-а (с чередованием в основах ст // щ); ср.: жадн-ый → жад-об-а (с усечением производящей основы). По этой непродуктивной словообразовательной модели от именований признаков (прилагательных) образуются существительные с общим значением ‘носитель признака’.

Синтаксическая теория допускает двоякую трактовку таких предложений: при желании их можно считать сложными. Но, поскольку возможно и другое, экономнее характеризовать их как простые с однородными главными членами. Вот если главные члены разнотипные (один построен, скажем, по модели простого глагольного сказуемого, а другой — по модели составного именного), если у каждого главного члена много собственных распространителей, если разные главные члены обозначают не одну и ту же ситуацию (в том числе в ее динамике), а смену одной ситуации другой, в особенности если между этими ситуациями устанавливаются отношения обусловленности, — тогда возникают достаточные основания для трактовки предложения как сложного.

Сложносокращенным называется сложное существительное, образованное без соединительной гласной, в котором усечение одной или обеих его частей осуществляется безотносительно к морфемному членению слова.

Сложносокращенное слово вуз (высшее учебное заведение) состоит из трех усеченных производящих основ: «Эти части являются сокращенными, усеченными символами целых слов и только так воспринимаются в современной языковой практике» (В. В. Лопатин, И. С. Улуханов «О некоторых принципах морфемного анализа слов (к определению понятия сложного слова в современном русском языке) // ИЗВЕСТИЯ АКАДЕМИИ НАУК СССР (отделение литературы и языка), 1963, том XXII, вып. 3). 

Эта трактовка структуры слова вуз отражена в «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова.

Корректная расстановка знаков препинания такова: Дедушка открывает ворота, и собаки с лаем несутся на нас и только вблизи притормаживают и отбегают. Запятая ставится между частям сложносочиненного предложения, которые ничем не объединены. (Ср.: Наконец дедушка открывает ворота и собаки с лаем несутся на нас.) Во второй части предложения имеются три сказуемых, соединенных союзами и, однако сказуемые притормаживают и отбегают представляют собой пару, объединенную общим обстоятельством места (только вблизи притормаживают и отбегают), поэтому запятая между ними не ставится. То есть первый союз и (несутся на нас и...) соединяет сказуемое несутся и пару притормаживают и отбегают, поэтому запятые между этими сказуемыми не ставятся. 

В этом предложении обстоятельство времени в дальнейшем относится к одному из однородных обстоятельств цели; чтобы показать это, лучше изменить порядок слов: Слушатели развивают навыки поиска и изучения источников, необходимых для изучения дисциплины и для самостоятельной научной работы в дальнейшем. Исходный порядок слов также возможен; в этом случае обстоятельство в дальнейшем приобретает значение попутного пояснения, а такие обстоятельства обособляются. Сравним подобные примеры в параграфе 20.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Дедушка остановился и, с помощью Мазана, набрал большую кисть крупных ягод (Акс.); Мы уже посадили последние хлебы в печь и, из боязни передержать их, не ложились спать (М. Г.).