Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.

Нет, слова тем самым вводными не являются и не обособляются. В очень редких случаях, когда тем самым выступает в функции союза, перед ним ставится запятая: Нагрубил женщине, тем самым поставил себя в неловкое положение.

В этом предложении как в аптеке — сравнительный оборот, употребленный в функции сказуемого. Поэтому запятая не нужна, но перед словом как возможно тире. Ср.: В море синем, как в аптеке, все имеет суть и вес...

Нет, слова тем самым вводными не являются и не обособляются. В очень редких случаях, когда тем самым выступает в функции союза, перед ним ставится запятая: Нагрубил женщине, тем самым поставил себя в неловкое положение.

Если речь не идет о диалоге, где каждая реплика начинается с абзаца, то строгих правил нет. Подробно о делении текста Вы можете прочесть, например, в книге Н. С. Валгиной "Теория текста" (глава "Функции абзаца").

Обобщающее слово должно быть тем же членом предложения, что и перечислительный ряд. В данном случае дело обстоит иначе: существительное основаниями играет роль именной части сказуемого (основаниями стали), а осуществление, несоблюдение, управление выполняют функции подлежащих.

Во мн. ч. "приказов" - не собственное наименование, прописная не нужна. В ед. ч. (в названии конкретного приказа) ситуация иная: нужна большая буква, если слово "Приказ" употребляется вместо полного названия документа (в функции полного названия).

Передать эту языковую игру на письме можно только раздельным написанием: имеет право на лево. Слово лево в таком случае будет использоваться в функции существительного, т. к. обозначает предмет (ср.: связь на стороне, отношения на стороне).

Бывший некогда украшен правильными цветниками — определительный оборот, где бывший — это причастие прошедшего времени от глагола быть, который в данном случае выступает в функции связки, а украшен — краткое страдательное причастие от глагола украсить. 

Слово каруд нужно склонять: ножны каруда; но: ножны кинжала каруд (в функции приложения - не склоняется). Аналогично - со словами ладук, когай, сай (слова на -а склоняются как существительные первого склонения: вода, земля).  Слово кусунгобу не склоняется.