Пунктуационное оформление предложения корректно.
Запятая не ставится.
Постановка запятой не требуется.
Фразу нужно перестроить. Возможен такой вариант: Они проверили 51 учреждение, где проживали нелегалы.
Литературной норме такое употребление не отвечает.
В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.
Правилен второй вариант.
Верно: в районном центре (в городе) Богучаре.
Лучше: в образовательном органе.
Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится. Поэтому верно: Похожее оружие, правда "самопальное", применяют боевики в Сирии.
