Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

1. Предпочтительная пунктуация: Застройщик — общество с ограниченной ответственностью «Ромашка», юридическое лицо, имеющее на правах аренды земельный участок с кадастровым номером 00-00-00 и привлекающее денежные средства Участников долевого строительства, в соответствии с действующим законодательством, для строительства на этом земельном участке «многоквартирного жилого дома (первая очередь строительства)» на основании разрешения на строительство  00-00-00 от 01.01.01.

2. Верно: Участник долевого строительства — физическое или юридическое лицо, индивидуальный предприниматель, внесшие денежные средства...

3. Далее в тексте эти слова в кавычки не заключаются.

Трудность возникает в связи с тем, что необходимо определить: жертва – одушевленное или неодушевленное существительное? У одушевленных существительных во множественном числе винительный падеж совпадает с родительным, у неодушевленных – с именительным.

В справочнике Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской «Грамматическая правильность русской речи» указано, что у таких слов, как персонаж, существо, личность, создание, жертва и др., называющих лиц, отмечаются колебания по признаку отнесения к категории одушевленности/неодушевленности. Однако основная тенденция  здесь – употребление форм одушевленного существительного. Поэтому предпочтительно: снимали своих жертв.

Большой толковый словарь

О правильности употребления кавычек в приведенном Вами примере говорить не приходится, т. к. сам подобный принцип составления библиографической записи некорректен. Если в книге приведено условное название издательства в кавычках (издательство «Просвещение»), в библиографическом описании слово издательство отбрасывают: М.: Просвещение. Если же в книге условному названию в кавычках предшествует не слово издательство, а другие слова, обозначающие родовое название организации-издателя (акционерное общество, издательский дом  и т. д.), тогда кавычки в библиографическом описании сохраняются, напр.: М.: ИД «Искатель», 1998. См.: Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора. М., 2003.

С точки зрения пунктуации здесь всё верно. Сочетания с одной стороны и с другой стороны в таких случаях не являются вводными (см. «Справочник по пунктуации»).

Эти слова, конечно, восходят к тому же корню, что и чудо. Они не являются полными синонимами. У слова чудовище три значения: 1) страшное сказочное существо (чудовище о трех головах); 2) о том, кто (что) вселяет страх, ужас (доисторические чудовища); 3) о человеке низких, отталкивающих моральных качеств. Слово чудище синонимично слову чудовище в первых двух значениях (ср.: чудище о трех головах, доисторические чудища), а вот его третье значение – о человеке чрезвычайно некрасивом, нелепо выглядящем, странном (где ты познакомилась с этим чудищем?)

Таким образом, эти слова различаются в одном из переносных значений, кроме того, неодинакова и их стилистическая окраска: слово чудище разговорное.

Иносказательное выражение (иносказание) — то же, что аллегория: изображение абстрактного понятия или явления через конкретный образ. Аллегория состоит из двух элементов:
1) смыслового — это какое-либо понятие или явление (мудрость, хитрость, доброта, глупость, смелость и др.), которое стремится изобразить автор, не называя его;
2) образно-предметного — это конкретный предмет, существо, изображенные в художественном произведении и представляющие названное понятие или явление. Так, в баснях, сказках трусость часто воплощается в образе Зайца, хитрость — Лисы и т. п. Старость нередко аллегорически воплощают в образе осени, вечера или заката. Аллегория может лежать в основе образной системы целого произведения (например, «Арион» А. С. Пушкина).

В соответствии с современными нормами в официальных составных названиях учреждений, организаций, обществ с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные, а также первое слово включаемых в них названий других учреждений и организаций.

Нужно писать с прописной буквы следующие названия, если они являются официальными: Объединенная группа подрядчиков по лесным заготовкам для Мурманской железной дороги «Мурмалес» (проверьте, нет ли опечатки в последнем слове этого названия), Товарищество педагогов г. Петрозаводска, Общество вспомоществования воспитанникам Петрозаводской мужской учительской семинарии,  Товарищество кемских лесопильных заводов.

Если это не официальные названия, то правильно: петрозаводский спортивный кружок, петрозаводский кафедральный собор.

Обратите внимание на то, что исторические написания названий могут не соответствовать современным нормам.

Рекомендуемый вариант:

В гимне Российской Федерации причудливым образом переплетены политические идеологии:
- социализма, с его опорой на равенство людей и народов («Широкий простор для мечты и для жизни» и «Братских народов союз вековой»),
- либерализма, с его опорой на свободу («Славься, Отечество наше свободное»),
- консерватизма, с его опорой на традиции («Могучая воля, великая слава», «Предками данная мудрость народная»),
— и религиозная идеология «священности» и «хранимости Богом». Все они в совокупности связывают между собой личность и общество в концепции служения Родине, когда «нам силу даёт наша верность Отчизне».