Словари современного русского литературного языка по-прежнему фиксируют Алма-Ата. Вариант Алматы употребляется в Казахстане. Ситуация аналогична распределению вариантов Таллин – Таллинн: в русском языке сохраняется первый вариант, но в эстонских СМИ, выходящих на русском языке, используется написание Таллинн. Обычно в стремлении сохранить в русском языке традиционные варианты Алма-Ата, Таллин и др. многие хотят увидеть политический подтекст, но его нет. Просто орфография всегда очень консервативна, и в облике многих слов (далеко не только имен собственных) сохраняются следы давно ушедших эпох.

Эти слова не отмечаются современными словарями русского литературного языка, но это вовсе не означает, что использовать их нельзя или запрещено. Перед нами - слова разговорной речи, слова окказиональные, образованные, что называется, "по случаю".

Вообще рассуждать на тему "есть ли такое слово в русском языке" весьма проблематично. Ведь если Вы спрашиваете о слове - это означает, что такое слово уже существует, уже употребляется. Другой вопрос, насколько широко оно употребляется. И языковеды могут дать очень приблизительную оценку употребительности, только и всего.

Раньше единственно верным действительно признавался вариант шелкови́ца. Он продолжает оставаться эталонным (и рекомендуется для речи в эфире). Но авторы «Большого орфоэпического словаря русского языка» сочли, что вариант шелко́вица, который очень распространен в речи, в том числе в речи образованных людей, «дорос» до того, чтобы признать его тоже нормативным. Пока это решение не поддерживается другими орфоэпическими словарями, но очевидно, что вариант шелко́вица движется к тому, чтобы со временем стать основным.

Справочник А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой допускает разные виды выделения небольшого количества текста на письме: курсивом, полужирным, прописными буквами. Однако «наиболее широко применяется светлый курсив (для скрытых в тексте рубрик, логических усилений, мнемических справочных выделений, небольших по объему структурных выделений)».

Корректные окончания: В ходе работы было изучено влияние на летальность следующих факторов: гендерного, возрастного, нозологического, уровня ампутации конечности, наличия предшествующей реваскуляризирующей операции, наличия постампутационного дефекта с контрлатеральной стороны.

Действительно, это выражение может быть не всем понятно, мы рекомендуем заменить его. Если все же Вы решите его оставить, лучше написать в кавычках в два слова: проводить работы "на живую".

Между двоеточием и тире, запятой и тире пробел обязателен.

Запятые не требуются: Это был хороший день. Ну как хороший... неплохой. Можно поставить тире вместо многоточия: Это был хороший день. Ну как хороший — неплохой.

Союз после того как обычно не расчленяется, если придаточная часть стоит перед главной. Но и постановка запятой ошибкой не будет. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».