Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Предлог для обычно используется при указании цели или предназначения кого- или чего-либо, поэтому название мероприятия должно, как представляется, более точно отражать его содержание, если речь идет о работе ученых в годы Великой Отечественной войны и их вкладе в общее дело Победы.

Толкование терминов следует обсуждать со специалистами в соответствующей области деятельности. Объяснения лингвистов опираются на общеизвестные значения употребляемых слов и не раскрывают смысловых особенностей лексики, используемой в качестве отраслевых терминов. Если обратиться к тематической литературе, то можно найти комментарии, в которых даются пояснения к дорожным знакам «Объезд препятствия справа», «Объезд препятствия слева», «Объезд препятствия справа или слева». В пояснения включается уточнение в том числе островков безопасности; ср.: «...объезд препятствий на проезжей части, в том числе островков безопасности, разрешается со стороны, указанной стрелкой». Следовательно, сфера действия названных дорожных знаков не ограничена понятием о препятствии, или, в соответствии с определением в «Правилах дорожного движения», неподвижном объекте на полосе движения, не позволяющем продолжить движение по этой полосе. Повторим в заключение: за разъяснениями, имеющими отношение к профессиональной терминологии, необходимо обращаться к профильным специалистам.

Это предложение с однородными придаточными, поэтому запятая перед и не нужна.

1. Государственным органом в полном смысле этого слова портал «Грамота.Ру» не является; посетителям, которым необходимо получить официальный ответ государственного органа, мы рекомендуем обращаться к нашим коллегам из Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН. В то же время наш портал был создан по рекомендации Совета по русскому языку при Правительстве Российской Федерации; работа портала в сети Интернет возможна только благодаря государственной поддержке (осуществляемой Федеральным агентством по печати и массовым коммуникациям).

2. Точка в заголовке, действительно, не ставится. Но в школьной практике (особенно в начальной школе!) к заголовкам наподобие Классная работа. Домашняя работа. Диктант. и т. п. это правило обычно не применяют, более того, отсутствие точки считают ошибкой. Это делается для того, чтобы  у детей выработался стереотип: в конце предложения надо ставить точку. На наш взгляд, с учительницей спорить не стоит: пусть Ваша дочь ставит точки, если таково требование педагога, а в старшей школе к этому вопросу можно будет вернуться.

Образование форм родительного множественного от женских отчеств представляет собой трудность, усугубляющуюся тем, что эти формы встречаются очень редко. В некоторых пособиях Д. Э. Розенталя есть такая рекомендация: «Женские отчества склоняются по типу склонения имен существительных, а не имен прилагательных, например... у Ольги и Веры Павловен…» (Розенталь Д. Э. Справочник по правописанию и литературной правке. М., 2008. С. 207). Розенталь справедливо рассматривает в качестве образца склонения женских отчеств изменение нарицательных существительных на -овна, -евна (которых, впрочем, в русском языке очень мало: королевна, царевна, цесаревна, поповна). В речевой практике, однако, образование соответствующих форм вариативно: Наталий Сергеевен разве много на свете! (А. Ф. Писемский);  …я насилу мог разубедить сестер Варвару и Веру Михайловен… (А. М. Достоевский); но: Да я Амалий Ивановн не знал и никогда не умел с ними обращаться... (Л. Н. Толстой); Меня сердит непоследовательность всех этих дядюшек, тетушек, Нин Николаевн и Ольг Эдуардовн... (В. П. Катаев).

Общих правил употребления паронимов не существует. В каждом конкретном случае следует обращаться к словарю паронимов или толковому словарю.

Большой толковый словарь

Разница прежде всего в том, что ПТУ – буквенная аббревиатура (т. е. читается по названиям букв: [пэтэу]), а вуз – звуковая (т. е. читается не по названиям букв – [вэузэ] – а как обычное слово). Впрочем, подавляющее большинство аббревиатур – и буквенных, и звуковых – пишутся прописными буквами. Строчными буквами пишутся только некоторые (немногие) звуковые аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: вуз, втуз, дот (от долговременная огневая точка), дзот. Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами: ЗАГС и загс. Отдельные буквенные аббревиатуры могут писаться двояко – по буквам и по их названиям: БТР и бэтээр. В случае возникновения сомнений следует обращаться к орфографическому словарю.

Из истории: традиции написания аббревиатуры вуз строчными буквами – уже более полувека. В «Справочнике по орфографии и пунктуации для работников печати» К. И. Былинского и Н. Н. Никольского (М., 1952) читаем: «...Сложные сокращенные слова, обозначающие нарицательное имя и читаемые не по названиям букв, а как обычные слова, пишутся строчными буквами: вуз, вузы, нэп, при нэпе и др.». 

Написание слова мото-час подвели под правило: сложные единицы измерения, независимо от того, образованы ли они при помощи соединительных гласных или без них, пишутся через дефис (ср.: человеко-день, тонна-километр, киловатт-час). Это правило в целом является исключением из правила о сложных существительных, которые при наличии соединительной гласной пишутся слитно. В практике письма слово мото-час, видимо, чаще употреблялось в слитном написании, что соответствовало общему правилу. Возможно, лингвисты, фиксируя слово в орфографическом словаре впервые (это произошло в 1974 г.), видели, что написание подобных единиц измерения плохо подчиняется правилу. Если в 1956 г. было отмечено одно исключение трудодень, в 1967 Д. Э. Розенталь добавляет трудочас, позже в правилах фиксируется тоннажесутки. Из-за неустойчивости этой области письма, увеличения числа исключений, соответствующих общему правилу, лингвисты в начале ХХI в. предложили отказаться от правила-исключения и писать единицы измерения слитно. Однако проект, содержавший это предложение, был категорически отвергнут обществом, не принят на государственном уровне, и лингвистам пришлось перекодифицировать слово, подчинив его правилу-исключению.