Да, перенос правильный. См. правила переноса слов.
Возможны оба варианта.
Такие конструкции - разговорные и даже просторечные. В общении на русском литературном языке их следует избегать.
Правильно: Но представленные проекты не связаны между собой ни архитектурой, ни ландшафтом.
Следует переформулировать, например: Благодарим Вас за инициативу, проявленную в ходе сотрудничества; Благодарим за инициативу и сотрудничество.
Склоняются обе части.
Из рекомендаций Письмовника: Употребление косвенных падежных форм местоимений он, она, оно, они с начальным Н обязательно после большинства предлогов, факультативно после некоторых предлогов. Поэтому оба варианта возможны.
Этот вопрос в лингвистике остается открытым. Некоторые языковеды считают -ть окончанием, некоторые – суффиксом, при этом аргументация и тех, и других весьма убедительна. Поэтому и в разных учебниках тоже могут быть разночтения.
