1. Дефис уместен.

2. Со строчной.

3. Кавычки не требуются.

Правило таково: в сочетаниях с приложением, если одна из частей в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис, употребляется тире.

Правильно: врач-хирург, врач-терапевт, врач-стоматолог, врач-ортопед и т. д. (сочетания с приложением). Если же вторая часть (обозначение специализации врача) в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис, то перед ней употребляется тире: врач – стоматолог-ортопед, врач – акушер-гинеколог. Аналогично: женщина-врач, но женщина – врач-хирург.

Правильно: по-нью-йоркски (ср.: по-социал-демократически, по-жюль-верновски).

С точки зрения языка (и логики) в пункт 41 входит заболевание и III, и IV степени.

Не следует забывать, что статья написана более чем пять лет назад. Мы согласны, что есть доводы и за написание со строчной буквы, и против. Но важнее - предупредить разнобой в написании, поэтому мы полагаем, что следует придерживаться рекомендаций орфографических словарей.

Это разные случаи. Охохонюшки пишется слитно, так как это новое слово, образованное от междометия ох-ох-ох при помощи суффикса.  Что касается протяжных гласных, то автор может использовать дефисы для обозначения протяжности гласных, как в слове Заму-у-учательно. Это делается для придания слову особой выразительности и для отражения особенностей произношения. 

"Русский орфографический словарь" рекомендует слитное написание (мы согласны с такой рекомендацией). Дефис после блиц-... рекомендует ставить "Большой толковый словарь".

В этих предложениях пунктуация будет различной. Не следует ставить знак препинания между частями сложносочиненного предложения, если: 1) части объединены вопросительной инонацией; 2) есть общие для обеих частей слова.

Увы, с рекомендациями конкретно на этот счет мы не сталкивались. Но согласимся, что логичнее соблюдать единообразие. 

Приставка мета- всегда пишется слитно, например: метааллерги́я, метаана́лиз, Метагала́ктика и т. п.

1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.