На обособление или необособление обстоятельственных оборотов, например оборотов с предложным сочетанием по аналогии с, влияют разные факторы, в частности смысловой. В приведенном примере запятая перед оборотом будет нужна, если важно подчеркнуть саму возможность названия духовные искусства (тогда оборот будет попутным замечанием), и не нужна, если более важно указать, почему такая возможность возникла.

В этом сочетании терминологического характера после определяемого слова стоят два определения — согласованное (биопсийный) и несогласованное (многоразового использования). Справочниками регламентировано лишь отсутствие запятой между согласованными определениями в случаях типа груша зимняя позднеспелая, трубы тонкостенные электросварные нержавеющие, брюки серые суконные, однако полагаем, что правило можно распространить и на терминологические сочетания, включающие несогласованные определения: пистолет биопсийный многоразового использования.

В первом предложении парные тире выделяют пояснительную конструкцию, во втором — вставную, они допустимы. Обратите внимание, что во втором предложении слово наоборот вводное. В третьем предложении предпочтительно двоеточие, запятая перед сочетанием с использованием обычной кухонной утвари и ванн нужна, потому что этот оборот уточняет обстоятельство «на коленке». В четвертом предложении тире нужно, поскольку имеется противопоставление двух именных сказуемых.

Существительное мужского рода мыш не отмечается словарями литературного языка, но оно встречается в диалектах, разговорной речи, художественных произведениях. Подобные примеры можно найти с помощью «Национального корпуса русского языка» или сервиса books.google.ru, см. также «Словарь русских народных говоров». Если автор использует слово мыш целенаправленно (например, как стилистическое средство), то исправлять его не нужно. 

По стилистике: практичный в использовании - избыточное сочетание. Плохо сочетание "весомое место".

По пунктуации: Эта модель и удобна, и практична, и занимает...

По смыслу: есть ли разница между удобством и практичностью?

Корректно: самарский Минтранс, региональное Министерство транспорта и автомобильных дорог, областной Минтранс. 

В этих названиях слова музей, галерея выступают как нарицательные существительные, обозначающие родовые понятия. Не видим практического смысла в рассуждениях о том, как бы писалось название Метрополитен-музей при ином порядке слов, потому что такое написание (сначала музей, потом Метрополитен) не принято, название учреждения: Метрополитен-музей.

К сожалению, мы не можем проконсультировать Вас по вопросам грамматики древнерусского языка. Пожалуйста, обратитесь к специализированной литературе.

В этих случаях запятые не требуются.

Предлагаем воспользоваться нашим электронным толково-словобразовательным словарем.