См. «Словарь трудностей».
Правильно: прибыл в город Москву. Подробнее см. в «Письмовнике».
Название при словах городской округ обычно не склоняется: городского округа город Михайловка. Закрепившееся несклонение можно объяснить тем, что подобные сочетания с обозначением типа муниципального образования характерны исключительно для официальных документов, для канцелярско-бюрократического языка (невозможно представить себе в живой речи что-то типа Живу в городском округе город Михайловка). А в канцелярских текстах несклонение топонимов в функции приложения очень распространено.
Раздельное написание "не" в вашем предложении объясняется тем, что здесь выражается противопоставление.
Верны оба варианта.
Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно точно знать, о каком проекте идет речь. Например, если это название микрорайона, то кавычки не нужны (Город Непохожих); если название организации, то нужно написать без кавычек и второе слово со строчной буквы: «Город непохожих».
Вид связи здесь – примыкание (к главному слову присоединяется неизменяемое зависимое слово; связь между главным и зависимым словом осуществляется только по смыслу).
Запятая поставлена правильно.
