Правильно: Сначала я не поняла, при чём тут Нижний Новгород. Обособляется придаточное предложение.
Предлог факультативен.
Приложение Иванова Анна имеет уточняющий характер и должно быть обособлено запятыми или тире: 1) Одна из участниц совещания, Иванова Анна, не согласилась с общим решением; 2) Одна из участниц совещания — Иванова Анна — не согласилась с общим решением. См. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Вообще говоря, имя собственное не всегда имеет уточняющий характер по отношению к стоящему перед ним имени нарицательному. Например, возможны варианты: Моя сестра, Маша, сказала... и Моя сестра Маша сказала...; Директор филиала, И. И. Иванов, объявил... и Директор филиала И. И. Иванов объявил... Однако в Вашем случае возможен только вариант с обособлением, поскольку сочетание одна из участниц требует конкретизации.
Согласно правилам координации, здесь вместо дефиса нужно поставить тире, так как приложение состоит более чем из одного слова: организация — держатель подлинников.
Запятая не нужна.
Запятая не нужна, поскольку оборот с союзом как образует именную часть составного сказуемого.
Тире между подлежащим и сказуемым, которые выражены существительными, не ставится, если перед сказуемым стоит относящийся к нему второстепенный член предложения.
