Согласны с Вами, употребление слова учинить здесь необоснованно, корректно: внести запись.

Здесь можно не выделять запятыми слова "в сущности".

Да, причастный оборот нужно закрыть запятой.

Вопрос о принципах составления заданий ЕГЭ следует адресовать не нам. Но все же попробуем вступиться за авторов теста.

Необходимо различать морфемный разбор слова на синхронном уровне (в современном языке) и этимологический анализ. Исторически – да, в слове огурец мог быть выделен суффикс -ец. Но в современном русском языке слово огурец непроизводно (оно не образовано ни от какого другого русского слова с помощью суффикса -ец), его основа нечленима на синхронном уровне, и корень этого слова – огурец. Ср.: слово столица когда-то было образовано от слова стол, но в современном русском языке значение слова столица не может быть объяснено через значение слова стол, следовательно, они не связаны отношениями производности, поэтому в слове столица мы выделяем корень столиц-.

По-видимому, составители задания хотели проверить у учеников знание морфонологических чередований в словообразовании: при образовании слова огурчик от слова огурец происходит, во-первых, выпадение гласного, а во-вторых, чередование Ц – Ч, и в слове огурчик следует выделить не суффикс -чик, как это кажется на первый взгляд, а суффикс -ик.

Указанная запятая не ставится.

Вклад здесь является дополнением. Внес вклад нельзя заменить на вложил: только если бы замена была равноценной, можно было бы считать внес вклад сказуемым.

Согласно словарям, слово праймериз не имеет формы единственного числа, а значит, род не определяется. Верно: праймериз пройдут.

Запятые нужны. Правильно: Все, кто хотел бы внести свой вклад в создание проекта, могут принять участие.

Следует использовать кавычки разного рисунка, точка ставится только одна: Пункт 1 Договора изложить в следующей редакции: «Исполнителем Договора является ООО "Яблочко"».