Использование или неиспользование скобок при этих идентичных по функции сочетаниях диктуется их грамматическими особенностями. Сочетание именуемый далее Заказчик грамматически связано с базовой частью предложения — представляет собой согласованное определение к имени, частью конструкции NN, именуемый далее Заказчик (согласование — синтаксическая связь, при которой зависимое слово уподобляется главному в его морфологических признаках). Сочетание далее — Договор представляет собой неполное предложение, восстанавливаемое как Далее он именуется/называется Договор (наречие далее здесь обстоятельственный детерминант), оно употребляется внутри конструкций типа заключили настоящий Договор на оказание услуг (далее — Договор) о нижеследующем и грамматически не связано (ни падежными формами, ни как-либо еще) с базовой частью предложения.
Глагол добиваться управляет родительным падежом: добиваться правды.
Стоит обратить внимание на то, что подобные соединения квалифицируются как «родовое слово и видовое слово» на логико-понятийной основе. С точки зрения грамматических норм сохраняется возможность вариантного представления словесной комбинации, а точнее — возможность использования разных синтаксических конструкций. В одном случае «видовое» слово остается в неизмененном виде, в другом — оно согласуется по формам числа и/или падежа с «родовым» словом. Важный вывод: подобные соединения именных форм в предложении не могут рассматриваться как заранее и точно заданный выбор. Совершенно не случайно то, что в руководствах по практической стилистике такого рода соединения не обсуждаются.
Что может влиять на выбор конструкции? На этот актуальный вопрос есть короткий ответ: несколько факторов. В развернутом виде ответ предполагает указание на стилистические особенности текстов и синтаксическое строение конкретных предложений. Свою роль играет и вполне объяснимое обстоятельство: малоизвестное или неизвестное слово авторы высказываний предпочитают оставить в неизмененном виде. В то же время форма множественного числа, в отличие от формы единственного числа, уже служит признаком грамматического освоения малоизвестного заимствованного существительного в русском языке. Понаблюдаем за примерами: лаваш, испеченный в печи тандыр; хлеб пекут в печах тандырах; традиции изготовления вареной колбасы мортаделла («мортаделла»); кусочки вареной колбасы мортаделлы; блюдо из грибов муэр. Распространенные обозначения освобождаются от родовых слов-подсказок: приготовить в тандыре, рецептура мортаделлы, почистить и вымыть муэры.
При глаголе ждать зависимое существительное (или заменяющее его местоимение) обычно принимает форму родительного падежа (Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов. М., 2001. С. 42): ремонт, которого ждали.
Родительный падеж возможен, но обычно в подобных случаях используется существительное лоббирование: лоббирование проекта, программы, исследований.
Да, это допустимо. Слово разъяснение в значении ‘изложение, вносящее ясность во что-либо’ может сочетаться с предлогом о, сочетаниями по поводу, по вопросу (см.: Большой академический словарь. Т. 22. М.; СПб., 2013. С. 547).
Да, эта фамилия склоняется по образцу слов первого (по школьной грамматике) склонения. В родительном падеже верно: Исрофилзоды.
Слово командующий управляет творительным падежом: командующий (чем?) флотом, армией и т. п. Родительным падежом управляет слово командир: командир (чего?) части, взвода и т. п.
Причастие заведуемый не отвечает норме литературного языка. Страдательные причастия образуются от переходных глаголов, к которым глагол заведовать не относится. Надо, впрочем, отметить, что литературному языку известны отдельные страдательные причастия, образованные от непереходных глаголов, которые управляют косвенным падежом с объектным значением, например: руководимый, управляемый, предводительствуемый (Русская грамматика. Т. 1. М., 1980. С. 668). Но слово заведуемый в это число не входит.
Запятая нужна. При этом само указание на номер и том уместно заключить в скобки, потому что в этом указании существительные не в предложном падеже, в отличие от словоформы в журнале: Документ опубликован в журнале «Вестник» (№ 1, том 2). Сравним вариант с уточняющими обстоятельствами: Документ опубликован в журнале «Вестник», в № 1, в томе 2.