Употребление некорректно.
Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.
Возможны оба варианта.
Для поиска контекстов Вы можете воспользоваться Национальным корпусом русского языка: ruscorpora.ru
Корректно: Вода выходит в пойму.
Верно: Установить тарифы на водоотведение для муниципального предприятия «Кран» при поставщике холодной воды – государственном предприятии «Вода». Слова государственном предприятии стоят в том же падеже, что и слова поставщике холодной воды (предложном).
