Правильно: дисциплинированна, организованна.

Возможны оба варианта: В рамках проекта были организованы две научные школы и В рамках проекта было организовано две научных школы. Второй предпочтителен.

Если идет речь о конференции, которая была организована в прошлом (а не организуется сейчас), следует использовать причастие прошедшего времени: организованная.

Написание регулируется словарем.

Это не противопоставляемые понятия. Предметный указатель вполне может быть алфавитным, то есть организованным по алфавитному принципу.

Инициалы имени и отчества человека отделяются от фамилии пробелом. А вот между инициалами пробел ставят непоследовательно. В большинстве случаев инициалы предшествуют фамилии (кроме алфавитных списков, организованных по порядку следования фамилий).

Корректно употребление строчных букв, так как это не первое слово официального наименования. 

Слово боязно отмечено в словарях как разговорное, оно может быть использовано в непринужденной устной речи и при передаче такой речи на письме: мне стало жутко и боязно вдруг. Обратите внимание: слово вдруг не обособляется.

Слово боязливо употребляется как наречие, например: боязливо поглядывать по сторонам; шел, боязливо озираясь. Сказать мне стало боязливо нельзя.

Частица НЕ пишется слитно.