Подстрочные примечания применяются в тех случаях, когда необходимо дать важные текстологические комментарии (без которых читателю будет трудно понять смысл текста), когда необходимо перевести иноязычное слово и дать какие-либо иные пояснения к тексту.
Правильно: количество судов на линии, необходимое для освоения грузопотока.
Корректно с родительным падежом (Ваш первый вариант).
Обособление нужно. Плохо: Условия... содержатся в книге. В книге может рассказываться об условиях, в книге могут быть перечислены условия.