Пунктуация в этих предложениях вариативна. В первом из них вместо запятой можно поставить тире, во втором — вместо тире запятую. Запятая ставится по общему правилу, а тире подчеркивает значение результата, следствия. Это подчеркивание зависит от намерений автора.

Нужно закрыть запятой придаточное предложение если споры разные; желательно также построить вторую часть однотипно с первой (слово растение при этом повторять не нужно): Если споры одинаковые, растение является равноспоровым, а в том случае, если споры разные, — разноспоровым: из его спороцитов образуются микроспоры и мегаспоры.

О подобных случаях в параграфе 5.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится: 

Тире обычно не ставится, если сказуемое выражено прилагательным, местоименным прилагательным, предложно-именным сочетанием: Погода несносная, дорога скверная, ямщик упрямый… (П.); Земля велика и прекрасна (Ч.); Вишнёвый сад мой! (Ч.); Небо без  единого  облачка; Люди  здесь  необыкновенной доброты.

Тире перед сказуемым-прилагательным ставится:

1) при логическом или интонационном членении предложения: Зрачки — кошачьи, длинные (Ш.); Высота  возле разбросанных домиков хутора —  командная (Каз.);

2) при наличии однородных сказуемых: Ритм  суворовского училища — чёткий, быстрый, военный (газ.);  Он сильно изменился:  походка, движения, черты лица,  даже  взгляд — мягче, спокойнее, проще;

3) при структурном параллелизме частей предложения: Ночь — тёплая, небо — синее, луна — серебристая, звёзды — блестящие.

В приведенном примере союз или соединяет два причастных оборота (знающий и изучавший — причастия). Пунктуация в нем корректна.

Для того чтобы постановка не регламентируемого правилами знака препинания могла быть оценена как авторская пунктуация, читателю должен быть ясен стилистический замысел автора. 

Пунктуация при «встрече» присоединительного союза также и подчинительного союза (например, если) в начале предложения не описана в справочниках, и это не случайно: предложение вообще не рекомендуется начинать со слова также, о чем подробно можно прочитать в статье В. В. Кавериной. Если убрать это слово, смысл не пострадает: Если вы будете пить кофе, возьмите воды с лимоном. Если же по каким-либо причинам предложение редактировать нельзя (например, нужно дословно записать сказанные кем-то слова), то указанную запятую рекомендуем поставить.

Подобное построение конструкций с прямой речью встречается в художественных текстах, например: 

— Слово предоставляется главному инженеру, товарищу Треухову! — радостно возвестил Гаврилин. — Ну, говори, а то я совсем не то говорил, — добавил он шепотом. (И. Ильф, Е. Петров. Двенадцать стульев)

Пунктуация при обороте от... до... не кодифицирована. В Вашем случае этот оборот служит пояснением к сочетанию полный цикл работ, поэтому его уместно, как любое пояснение, отделить запятой или тире.

В таких случаях необходимо тире с пробелами при любом количестве слов в названиях сторон. Это тире в функции соединения: саммит «Россия — ЕС», конференция «Китай — Центральная Азия».

В этом предложении слово благо выражает эмоциональную оценку и является вводным: Настроить все системы можно через приложение, которое, благо, полностью русифицировано.