Правильно: в количестве 31 коробки и 15 папок.
Ударение нужно ставить на последний слог. В шестое издание «Русского орфографического словаря» (2023 г.) и в базу орфографического академического ресурса «Академос» уже внесено соответствующее исправление.
В сочетании со словом проведение слово руководство воспринимается как обозначение процесса, отсюда желание использовать форму тв. падежа: руководство (чем?) проведением. Ср.: взять на себя руководство поисковыми работами, доверить кому-либо руководство институтом. Слово руководство в значении 'руководители' сочетается с формами род. падежа наименований организаций: руководство (чего?) Союза писателей, театра, института. Поэтому о руководителях лучше сказать: руководство конкурса. Смысл выражения при его сокращении сохраняется.
Запятая нужна.
Верно: руководство пользователя сервиса.
Употребительно: пакет сока.