При переходном глаголе с отрицанием употребляется родительный падеж, если в предложении есть частица ни или местоимение либо наречие, в составе которых имеется указанная частица. Таким образом, верно: Вы не отметили ни одного слова.

Вы верно заметили: в этом предложении союз но не связывает однородные члены либо части ССП. Здесь он образует так называемую конструкцию с вторичной союзной связью. В справочниках по пунктуации такие конструкции отнесены к присоединительным. 

В официальных документах, включая заголовки приказов, рекомендуется при наименовании профессий, должностей и т. п. использовать существительные мужского рода, независимо от пола называемого лица. Корректно: Направить обучающегося Иванову Ольгу Петровну, О направлении на практику обучающегося. 

Правило звучит так: не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, или, либо и т. д. (обычно повторяющийся).

В этом предложении действие, названное оборотом со словами исходя из, не соотносится с действующим лицом, что не предполагает обособления: ...для каждого был разработан свой план интеграции на рабочем месте исходя из индивидуальной программы реабилитации.

Вероятно, Ваш преподаватель подозревает глагол защитить, однако он образует нормативную форму 1 лица единственного числа настоящего/будущего времени: я защищу. Эта форма приведена во всех нормативных словарях, в том числе и размещенных на нашем портале. 

Нет, не является. В сочетании по парам существительное пара имеет достаточно узкое значение "два лица, к-рые действуют, находятся вместе, объединённые чем-л. общим, рассматриваемые как нечто целое" и узкую лексическую сочетаемость (разбить по парам).  

С точки зрения авторов толковых словарей варианты равноправны. Однако в справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке») приведена такая рекомендация: с помощью – обычно при указании орудия, средства совершения действия, при помощи – при указании лица.