Вы справедливо отмечаете, что одушевленные существительные среднего рода встречаются. Почему эти существительные одушевленные? Это связано с их лексическим значением (т. е. соотнесенностью с "живой природой").
Это не плеоназм. Беременными могут быть животные. См., например: Священны поэтому гнезда птиц, священны беременные самки; если охотнику досталась таковая ― он обязан «отпустить ее Артемиде» (Ф. Ф. Зелинский. Древнегреческая религия).
«Специальные» глаголы со значением 'родить детеныша' употребляются только по отношению к домашним животным, разводимым человеком (если можно так выразиться – хозяйственно значимым животным). Отдельного обозначения для родов мышей и крыс в языке нет.
См. ответ 184498. Что касается Мурки, то правило следующее: с прописной пишутся клички животных (кошка Мурка), а строчная буква пишется, если индивидуальные названия употребляются в качестве обобщенных названий животных: мурка (о кошках). Аналогично с прилагательным муркин – Муркин.
Для точного ответа требуется контекст. Скорее всего, кавычки нужны, так как словарное значение слов живой уголок — "специальное место (обычно в учреждении), где содержатся животные, птицы", а в Вашем случае эти слова используются в особом, условном значении. Кавычки точно нужны, если Вы хотите подчеркнуть ироническое значение этого сочетания.
Вне зависимости от того, указывает ли местоимение их на слова олени или ареалы, оба придаточных относятся к одному главному: сохраняются разные ареалы обитания, хотя... их ничего не разделяет и (хотя) все.... животные родились после падения «железного занавеса». На наш взгляд, в данном случае вариантов нет, запятая не нужна.
У союза а также три функции.
1. Соединительная. Употребляется для присоединения последнего слова или словосочетания в ряду двух и более единиц, обозначающих однородные в определенном отношении предметы, признаки, действия и т. п., и, указывая на полную завершенность перечисления, акцентирует, выделяет, придает добавочный характер последнему члену ряда.
Примеры: Купи сыра, а также колбасы. Она знает немецкий, французский, а также итальянский языки. Она танцует, играет на пианино, а также сочиняет музыку.
2. Присоединительная. Употребляется для присоединения слова или словосочетания в ряду двух единиц, обозначающих однородные в определенном отношении предметы, признаки, действия и т. п., и указывает на то, что присоединяемая единица имеет характер добавления по отношению к первой и/или усиливает, подчеркивает, обобщает значение всего ряда в целом.
Пример: Для меня, а также и для всех нас, это событие имеет огромное значение.
3. Присоединительная. Употребляется для присоединения второй части сложносочиненного предложения и указывает на то, что она содержит какую-л. новую добавочную, дополнительную информацию, обычно продолжая мысль, высказанную в предшествующей части.
Примеры: Беседа была посвящена двусторонним отношениям, а также была затронута тема региональных конфликтов. Сходи в магазин, погуляй с собакой, а также тебе надо встретить бабушку на вокзале.
(Объяснительный словарь русского языка : Структурные слова: предлоги, союзы, частицы, междометия, вводные слова, местоимения, числительные, связочные глаголы. М., 2002.)
Интересный вопрос. Согласно толковым словарям русского языка, слово стая означает 'группа животных одного вида, держащихся вместе'. Таким образом, словарное толкование допускает возможность сочетания стая кур (хотя и возникает вопрос, можно ли говорить, что куры «держатся вместе», ведь их совместное проживание в курятнике вызвано не желанием самих кур, а волей человека). Теоретически возможно и сочетание стадо кур (стадо – группа животных одного вида, а также пасущийся вместе скот). Однако в живой речи сочетания стая кур, стадо кур вряд ли употребимы, достаточно – просто: куры.
Наречие степени крайне сочетается с прилагательными без не. Об этом, в частности, говорят примеры его употребления в «Большом академическом словаре русского языка» (т. 8, стр. 572): Крайне тяжелые условия; Всякие дела, волнения, раздражения — крайне вредны для него (М. Горький. Егор Булычов и другие); Добыча лангустов требует большого искусства — эти животные крайне осторожны (Наумов, Пропп, Рыбаков. Мир кораллов). Сочетания крайне полезный, крайне эффективный, крайне приятный не ошибочны.
