В указанном месте находится так называемый стык союзов. Запятая в таких случаях ставится или не ставится в зависимости от того, следует ли далее одиночный или двойной союз; см. параграф 123 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Союз когда одиночный (теоретически при нем могла бы быть вторая часть то), а значит, запятая нужна: Ведь мы забываем, что, когда мы кушаем, через некоторое время то, что мы кушаем, становится частью нас.

Предпочтительна точка: Всё замерло: деревья, трава, кусты. Всё готовилось к зиме.

Эта конструкция эквивалентна сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, сравним: Прислуживал там, где мог. В общем случае запятая в таких конструкциях ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). 

Запятая не нужна: причастный оборот любящая тебя стоит перед одиночным определением твоя. Обратите внимание, что местоимение твоя здесь избыточно. Если есть возможность правки, его лучше убрать: Любящая тебя дочь Ирина.

Запятая нужна, так как это сложное (сложноподчиненное) предложение.

Перед союзом и необходима запятая (по общему правилу) либо тире (как знак, выражающий значение результата, следствия): Дайте ребёнку карандаш — и он сможет...

Эта конструкция эквивалентна сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, сравним: Вполне реально выполнить то, что доктор прописал. В общем случае запятая в таких конструкциях ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). 

Знаки препинания расставлены корректно. Как показывает практика — вводная конструкция, она не образует единого целого с союзом однако. 

Запятая не нужна. Больше чем одна в этом случае значит 'больше одной'.

Обращение выделляется запятыми с двух сторон при любом продолжении предложения: Желаю тебе спокойной ночи, любимая, и сладких снов.