Обособление оборота с производным предлогом в соответствии, как и с другими производными предлогами, факультативно. Поскольку в данном случае оборот имеет значение причины и значительно распространен, запятую перед прошу Вас лучше поставить. 

Сочетания с одной стороны и с другой стороны в подобных случаях не являются вводными, поскольку не указывают на сопоставление разных мнений, фактов и т. п. См. также наш «Справочник по пунктуации».

В этом сочетании, приведенном без контекста, запятая перед деепричастным оборотом представляется необходимой по общему правилу. 

Запятая нужна: союз и соединяет части сложносочиненного предложения.

Заключительную формулу письма С уважением принято отделять от последующих слов запятой.

Запятая перед тире в подобных случаях нужна: она закрывает придаточное предложение. У тире функция другая: оно выражает отношения следствия между частями сложной синтаксической конструкции с бессоюзной связью (первая из частей содержит указанное придаточное).

Это сложное (сложноподчиненное) предложение, в нем ставится запятая. 

Обстоятельственное сочетание в семье потомственных физиков можно считать уточнением обстоятельства в Дубне (уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому); в этом случае логическое ударение будет нести как одно, так и другое обстоятельство. Однако обстоятельство в Дубне само по себе достаточно конкретно, а потому в обязательном уточнении не нуждается. Без запятой логическое ударение будет нести только обстоятельство в семье потомственных физиков.

Запятая перед сравнительным оборотом нужна, пропускать ее в приведенном контексте нет оснований.

Очевидно, здесь хорошо если означает 'в лучшем случае' и явно стремится к функции частицы. Сравним частицы, образованные на базе слова хорошо: хорошо ещё, хорошо хоть. В практике письма встречается разное пунктуационное оформление сочетания хорошо если в подобных контекстах, о чём пишет М. М. Харченко в статье о нерешенных вопросах современной пунктуации. В справочниках и специальных словарях сочетание не приводится.