Правильно: По заказу Министерства здравоохранения учёными разработан комплекс биологических добавок, который, быть может, станет весьма эффективным средством профилактики простудных заболеваний, однако сроки промышленного выпуска нового продукта ещё обсуждаются.

Да, обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии с внутри предложения уместно выделить запятыми. Подробнее об условиях обособления таких оборотов см. в «Справочнике по пунктуации».

Да, этот вариант корректный: тире ставится в бессоюзном сложном предложении, вторая часть которого начинается словом это (см. «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), пункт 5 параграфа 130); запятая нужна, чтобы закрыть причастный оборот. Во втором варианте как раз не хватает этой запятой.

Кроме того, вызывает сомнения корректность первого варианта, в котором содержание слов главы муниципалитета представлено в виде прямой речи: предлог об в сочетании об этом указывает на предмет, тему речи, а не на дословную передачу чьих-либо фраз; при использовании кавычек уместной будет формулировка без этого сочетания: «Семь учебных заведений городского округа вошли в «Топ-100 лучших школ Московской области», составленном министерством образования региона», – сообщил глава муниципалитета, который на днях провел встречу с директорами школ.

В этом случае нет оснований ставить двоеточие (нет правила, которое требовало бы ставить знак препинания).

Верно: в порядке и по форме, установленным Министерством внутренних дел Российской Федерации.

Глагол вредить образован от существительного вред.

Минфин России — вполне официальное сокращенное название ведомства, используемое на его официальном сайте. Во множественном числе, применительно к «собранию» аналогичных ведомств разных стран, уместно написание со строчной: главы минфинов.

Указания на разные годы достаточно, чтобы понять, что речь идет о разных типах униформы: советская униформа образца 1939 и 1943 годов.

Согласно орфографическим нормам, с прописной буквы пишутся только названия высших государственных должностей, и то лишь в текстах официальных документах. Такие названия должностей, как министр, губернатор (и тем более генеральный директор, председатель комиссии, мэр), пишутся строчными.

Однако написания, принятые в современной официальной документации, зачастую противоречат орфографическим нормам. Такова ситуация и со словом министр. Написание этого слова с прописной рекомендовано, например, «Кратким справочником по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации». Поэтому, если речь идет об официальной документации (как в вопросе, на который Вы ссылаетесь), приходится давать соответствующие рекомендации.

Если при утверждении правил использовалась прописная буква ("утвердить Правила"), то при ссылке на документ возможно также использование прописной.