Русские и хорошо освоенные иноязычные названия городов в сочетании со словом город и сокращением г. склоняются: города Сарапула, г. Сарапула.

Деепричастного оборота здесь нет. 

Запятая поставлена правильно: обособляется определительный оборот дорогие сердцу, стоящий после определяемого слова воспоминания.

Слово хитрюшка не является производным от слова хитрюга. Эти слова произведены от слова хитрый при помощи разных суффиксов: -юшк- и -юг-. Ср. зверюшка и зверюга.

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

ТАКОВОЙ, -ая, -ое. местоим. прил. Офиц.
Употр. вместо существительного, упомянутого выше. Не купили билета за отсутствием такового. Не встретили поезд по причине неприбытия такового. < Как таковой, в функц. опр.
Взятый сам по себе, безотносительно к чему-л. другому. Вопрос важен как таковой. Любовь как таковая меня не интересует.

Оснований для постановки тире нет. Конечно, есть такое понятие, как авторский знак (автор вправе поставить тире там, где он делает интонационную паузу), но, если автор этого текста Вы, такая правка выглядит странно.