Текст подстрочного примечания, как правило, не согласуется с формой поясняемого текста – ведущее слово независимо от падежа поясняемого слова ставят в именительном падеже. Текст примечания, как самостоятельное предложение, необходимо начинать с прописной буквы и в конце ставить точку. Обязательного требования повторять поясняемое слово в тексте примечания нет, но для полноты примечания это имеет смысл сделать. Итак, правильно:

На гаке* было 5 барж.

Верно: В «Береге» интересное меню.

Правильно: равно пяти. 

Ввиду того что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (в этом случае части союза не разделяются запятой, запятая ставится перед союзом и в конце придаточного предложения) или же расчленяться, в этом случае запятая ставится перед второй частью союза и в конце придаточного. В приведенном Вами примере запятая уже стоит перед второй частью союза, поэтому перед союзом ее ставить не нужно: Отметим также, что ввиду того, что закон предусматривает возможность заказчикам самостоятельно определять для себя правила закупки, его нормативная база значительно меньше... Можно поставить запятую перед союзом и убрать знак между его частями: Отметим также, что, ввиду того что закон предусматривает... Можно слегка изменить предложение, чтобы избежать повторения слова что: Отметим также: ввиду того что закон предусматривает...

Термин база знаний  корректно употреблять в следующем значении:  'семантическая модель, описывающая предметную область и позволяющая отвечать на такие вопросы из этой предметной области, ответы на которые в явном виде не присутствуют в базе'.

Дополнительные знаки препинания не нужны. Обратите внимание, что смысл оборота имела в своем развитии колоссальные периоды времени неясен, мы рекомендуем изменить формулировку.

Верно: с ровно таким же успехом.

В обоих предложениях никакой знак препинания после слова воробьи не нужен.

Нужно использовать предлог НА.

Спасибо!