Думаем, редактор неправа, если латинские буквы выступают не в роли приложений, а как заменители чисел (N измерений, k неизвестных и т. д.). 

Запятая нужна. Правила можно прочитать в полном академическом справочнике «Правила русской орфогрфии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (см. § 123).

Правильно: 2-, 3-осевые. 

Практика письма показывает, что обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются запятыми.

1. Прилагательные с компонентом подобный.
Это  сложные прилагательные, у которых  первый компонент — основа существительного, а второй компонент равен самостоятельному прилагательному, между ними  соединительная гласная -о. 

Сложные прилагательные со вторым компонентом подобный имеют значение 'подобный тому, что названо первым компонентом'.  Словообразовательная модель продуктивна, и не только в сфере терминологии. Ср.: шизофреноподобный, обезьяноподобниый, человекоподобный,  мужеподобный, звероподобный  и т. д.

2. Прилагательные с компонентом формный.

При всем внешнем сходстве со словообразовательной моделью, которую обсудили выше, словообразовательный анализ слов типа эпилептиформный, шизофрениформный (вариант — шизофреноформный) сталкивается с такой трудностью, как отсутствие в русском языке прилагательного  формный с подходящим для этих медицинских терминов значением. В БТС зафиксировано прилагательное формный, но только как относительное прилагательное  для одного значения слова форма: значение 7. Приспособление для придания чему-л. (обычно какой-л. массе) определённых очертаний. Формный, -ая, -ое (7 зн.).  

См. https://gramota.ru/poisk?query=форма&mode=slovari&dicts[]=42. 

Судя по всему, эпилептиформный, шизофрениформный появились в результате словообразовательного калькирования терминов epileptiform disorder, schizophreniform disorder, а вариант шизофреноформный  — это уже результат стремления встроить кальку в словообразовательную систему русского языка.

Словообразовательное калькирование (дословный перевод каждой составляющей термина) у неопытных переводчиков часто приводит к ошибочному  смысловому переводу термина целиком. На наш взгляд, пары типа шизофреноподобный и шизофрениформный вовсе не синонимы, но об этом судить должны медики. И в итоге разница в значении должна быть отражена в словарях медицинских терминов.

В любом случае все слова, приведенные в Вашем вопросе, образованы с помощью сложения основ. Никаких суффиксоидов в них нет.

Оба варианта возможны.

В художественном тексте предпочтительно написать буквами: эм-три. Но цифры допускаются.