Правильно: По нашим оценкам, это займет более двух месяцев.
Да, сочетание по (каким-либо) оценкам в подобных контекстах тоже вводное.
Да, запятая нужна.
Вводное сочетание по оценкам экспертов отделяется запятой.
Верно: поставлена оценка, дана оценка.
Так как это предложение сложноподчиненное, на границе частей (перед союзом что) нужна запятая.
Однозначных рекомендаций на этот счет в справочной литературе не содержится, а в практике письма наблюдается разнобой. По-видимому, окончательное решение следует оставить за автором или редактором текста. Принимая решение, нужно учитывать, насколько удобен будет для читателя тот или иной формат выделения, не перегружен ли текст в целом кавычками и т. д. Скорее всего, в большинстве случаев написание в кавычках будет уместным, особенно если это текст справочного характера: «5» ставится, если...; оценка «5» ставится, если... В художественном тексте, возможно, стоит предпочесть словесный вариант.
Запятые нужны.