Сформулируйте, пожалуйста, свой вопрос более точно.
КОНТРОЛЬ — 1. за чем (при отглагольном существительном). Контроль за исполнением работ и расходованием средств. 2. за чем (при существительном, обозначающем действие или признак). Контроль за работой станка; Контроль за порядком в классе. 3. над кем-чем (при отвлеченном или одушевленном существительном). Контроль над молодыми специалистами; Контроль над финансами; Контроль над производством. 4. чего (в официальной и профессионально-технической речи). Контроль деятельности выборных органов; Контроль температуры в доменной печи; Контроль готовой продукции.
В приведенном контексте после пояснительного союза а именно нет необходимости ставить какие-либо знаки препинания.
Ваша пунктуация верна.
Корректны оба варианта.
В современном литературном языке слово "контроль" имеет варианты управления: контроль над чем - контроль за чем - контроль чего. Грамматисты полагают, что конструкцию "контроль над чем" предпочтительно употреблять при существительных не глагольного происхождения, обозначающих конкретный предмет, и при существительных одушевленных (контроль над финансами, но: контроль за финансовой деятельностью; контроль над молодыми специалистами). Конструкция с предлогом "за", более современная, применяется в тех случаях, когда зависимое слово - отглагольное существительное, обозначающее действие (контроль за выполнением задания, контроль за посещаемостью). Конструкция "контроль чего" характеризуется стилистической ограниченностью: она встречается преимущественно в специальной литературе (контроль заданных температур, контроль выхода автобусов на линию). Так что в интересующем Вас случае предпочтительно: контроль за порядком проведения работ .
Слово управление пишется с прописной буквы, если употребляется как первое слово в официальном названии, например: Управление делами Президента Российской Федерации, Управление международного сотрудничества Российской академии наук.
Если речь идет о документации, то верно: её подготовки.
Какой из двух вариантов предпочтительнее — решать самому автору. Слово контроль многозначно (в чем нетрудно убедиться, если обратиться к материалам словарей, размещенных на нашем портале), тогда как отглагольное существительное контролирование отражает идею процессуальности, поэтому уместно в тексте, посвященном процессу.
Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.