Запятые не требуются. Подробности — в "Справочнике по пунктуации".
Корректно: управляющий централизованной религиозной организацией "Тобольско-Тюменская Епархия Русской православной церкви".
Тире не требуется.
Вы написали верно: орден Русской православной церкви.
Верно: ...и все, что связано...
В данном случае пишется две буквы Н.
Оба варианта верны.