Это неверное сочетание. Слово двое употребляется только с одушевленными существительными мужского и среднего рода (двое мальчиков) и с существительными, не имеющими единственного числа (двое саней). В данном случае верно: ...три статьи и два тезиса.
На эти случаи можно распространить правило, представленное в параграфе 38 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина: в правиле речь идёт только о причастных оборотах, но оно применимо и к сочетаниям прилагательного с зависимыми словами, то есть к распространенным определениям в целом. Согласно этому правилу, между нераспространенным и распространенным определением ставится одиночная запятая, то есть они однородны: Как будто я маленький, неспособный на самостоятельные действия ребенок; Он, как старый, вечно всем недовольный дед, ругал погоду.
Первый вариант предпочтителен.
Верно: города Хабаровска.
Глагол согласован со словом причины во мн. ч., это корректно.
Прилагательное согласуется также во мн. ч.: за последние полгода, последние четверть века.
Правильно: панорама города Пятигорска.
Корректно: на площади (города) Ханты-Мансийска.
Корректно: уроженец Вологды. В канцелярской речи: уроженец города Вологды.