Это выражение соответствует правилам русской грамматики. Оно уместно в непринужденном общении, в других контекстах — неуместно.

Слово боль обычно употребляется в формах единственного числа. В форме множественного числа оно получает дополнительное значение подчеркнутой длительности (ср., например, страдание и страдания). Таким образом, предложения типа у пациента головные боли обозначают неоднократные длительные болезненные состояния.

Наречие перво-наперво в предложении выполняет функцию обстоятельства и, как любое обстоятельство, выраженное наречием, не требует обособления. В контексте оно может быть выделено запятыми или тире «для смыслового подчеркивания» (см. параграф 77 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Такое употребление вполне возможно, оно не противоречит современной грамматической норме. Так же могут употребляться краткие страдательные причастия.

В современном тексте предпочтительно использовать слитное написание прилагательного: оно кодифицировано. При цитировании источников желательно воспроизводить написание в оригинале, предварительно уведомив читателя о характерной для орфографии того времени вариативности.

Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.

Слово прокуратура следует писать со строчной буквы, поскольку оно означает вид государственного органа и не является именем собственным.

Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.

Необходимости в тире нет, но оно может быть поставлено при наличии паузы и логическом ударении на сочетании среди них.

Сочетание и многое другое действительно стоит в одном перечислительном ряду с придаточными, поэтому запятая перед ним не требуется.