Лучше: Согласно плану, новая версия должна выйти в IV квартале 2008 года.
Правильно: и старая, и новая линия; стоят и стоит; как на федеральном, так и на региональном уровне.
Предложения, по структуре точно соответствующие Вашему, в правилах не описаны. Но можно опереться на более общее правило:
«Тире ставится в неполном предложении, составляющем часть сложного предложения, когда пропущенный член (обычно сказуемое) восстанавливается из предыдущей части фразы и в месте пропуска делается пауза...
При отсутствии паузы в месте пропуска члена предложения тире не ставится...» (Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 6, п. 5).
Таким образом, тире факультативно, его постановка обусловлена интонацией.
Здесь запятая нужна.
В этом предложении не обе части являются безличными предложениями. Запятая перед и нужна.
Запрещается переносить на другую строку пунктуационные знаки (кроме тире, стоящего после точки или двоеточия перед второй частью прерванной прямой речи).
Такой перенос не запрещен, однако нежелателен.
