Да, эта фамилия склоняется, как и все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный: Спектора, Спектору и т. д.
Корректно: Он сказал своё краткое «Да». В этом предложении прямая речь занимает позицию дополнения.
Смысл предложения неясен, поэтому ответить на вопрос о пунктуации затруднительно.
Верно: Да ладно?
Запятая стоит верно.
Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант.
