Корректно: Вода выходит в пойму.
Верен второй вариант.
Корректно: на второй и третий годы.
Оба варианта правильны, выбор варианта зависит от контекста. Ср.: пить воду из-под крана, но: вода течет, капает из крана.
Дополнительные запятые не нужны.
А. В. Суперанская, один из лучших специалистов по ономастике, считала, что «номенклатурные термины [родовые понятия] составляют неотъемлемую часть географических названий», однако в своих публикациях она часто пишет о «собственно названиях», отделяя их от родовых слов-понятий. Объединяющим термином у А. В. Суперанской часто выступает слово топоним (см., например: Суперанская А. В. Прописная и строчная буква в собственных именах различных категорий // Орфография собственных имен / отв. ред. А. А. Реформатский; АН СССР, Ин-т рус. языка. М.: Наука, 1965. С. 25–43).
