Современные нормативные словари в большинстве своем указывают, что слово кофе, употребляемое как существительное среднего рода (моё горячее кофе), стилистически не нейтрально, эта форма сопровождается пометой разг. (разговорное). При этом кофе — едва ли не единственное несклоняемое заимствование на -е (из тех, что не не обозначают живых существ), которое принадлежит мужскому роду, так что переход этого слова в средний род практически неизбежен. Кроме того, даже в ХIХ веке употребление слова кофе как существительного среднего рода не было такой уж редкостью. См., например: ...молодой моряк очень рассеянно отвечал на вопросы и шутки хозяина; но, к счастью, тот, прихлебывая звездистое кофе, дымя трубкою и пробегая листок купеческой газеты, мало обращал внимания на все, что не носило на себе вида нумерации [А. А. Бестужев-Марлинский. Лейтенант Белозор (1830)]; Появилось кофе в серебряном кофейнике, а за ним вышла красивая мамка в голубом кокошнике с маленьким Вадимом на руках [Д. Н. Мамин-Сибиряк. Приваловские миллионы (1883)].

Ввиду того что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (в этом случае части союза не разделяются запятой, запятая ставится перед союзом и в конце придаточного предложения) или же расчленяться, в этом случае запятая ставится перед второй частью союза и в конце придаточного. В приведенном Вами примере запятая уже стоит перед второй частью союза, поэтому перед союзом ее ставить не нужно: Отметим также, что ввиду того, что закон предусматривает возможность заказчикам самостоятельно определять для себя правила закупки, его нормативная база значительно меньше... Можно поставить запятую перед союзом и убрать знак между его частями: Отметим также, что, ввиду того что закон предусматривает... Можно слегка изменить предложение, чтобы избежать повторения слова что: Отметим также: ввиду того что закон предусматривает...

Термин база знаний  корректно употреблять в следующем значении:  'семантическая модель, описывающая предметную область и позволяющая отвечать на такие вопросы из этой предметной области, ответы на которые в явном виде не присутствуют в базе'.

Лучше всего поставить точку и начинать каждый абзац с прописной (оформлять как самостоятельное предложение).

Вы правы: уколы и инъекции делают, а не ставят.  

Буква а пишется в словах, связанных по значению с прилагательным равный 'одинаковый'. Буква о пишется в словах, связанных по значению с прилагательным ровный 'гладкий, прямой, без неровностей'. Поэтому написание зависит от смысла. В случае с кустами возможно двоякое толкование: их делают одинаковыми / их делают ровными, гладкими, прямыми. Поэтому возможно и двоякое написание. Решение в таких случаях принимает автор текста.

Частица вроде не требует постановки знаков препинания: Я же вроде уже делал это.

Можно сказать: каков статус задачи. Но лучше (понятнее):  Как обстоят дела с данной задачей.