Никакие знаки препинания до, внутри и после оборота нет-нет да и не ставятся: Сквозь мрак нет-нет да и проглянет лучик.
Корректно: в ответ я лишь буркнул «да».
Вы оформили предложение корректно.
При согласовании с существительным женского рода корректно: две групповые тренировки и две групповых тренировки. При согласовании с существительным мужского или среднего рода: два групповых занятия, два групповых урока.
Правильно здесь: оправданно.
Да, названия городов и стран могут употребляться во множественном числе. Такое употребление возможно, когда речь идет, например, о нескольких населенных пунктах с одинаковым названием (в двух Санкт-Петербургах – российском и американском), а также в переносном значении, если имеются в виду разные стороны жизни одного города, одной страны (в этом смысле вполне возможно: две Москвы, три России и т. д.; у Маяковского есть стихотворение «Две Москвы», где одна – старая, дореволюционная, вторая – новая, советская). Что касается согласования с числительным пять, то образование формы родительного падежа мн. числа существительного Москва затруднительно. Если есть потребность в подобном сочетании, можно сказать, например, пять городов с названием Москва.
Запятая не нужна. Запятая не ставится, если оборот с союзом как входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу.
Правильно: в две тысячи девятом году.
Верно: две тысячи десятый год.