От глагола махать образуются две формы – маша и махая. С нормативной точки зрения они равноправны (в отличие от личных форм настоящего времени, где машу, машет – предпочтительные формы, а махаю, махает – разговорные).

Когда сноска относится к словосочетанию, а не ко всему предложению, логично будет поставить знак сноски непосредственно после словосочетания, к которому она относится, то есть перед многоточием: Увидел человеческую голову с длинной косой¹… 

Запятые нужны, с их помощью обособляется определение, относящееся к личному местоимению. См. параграф 47 и пункт 3 параграфа 48 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

С точки зрения словообразования здесь все логично (поэтому острословы продолжают: любители хороводоводоведов называются хороводоводоведофилы, а люди, которые боятся любителей хороводоводоведов, – это хороводоводоведофилофобы), но на практике (в серьезной речи) вряд ли кто-то будет употреблять такие слова. :)

Женские личные имена восточного происхождения, оканчивающиеся на ударный -Я, имеют в дательном и предложном падеже окончание -Е. Правильно: Альфия – Альфие. Вариант Альфии будет правилен только в том случае, если ударение в имени падает на А.

Склонять название Диксон в сочетании со словом поселок не нужно. Препятствует склонению названия не то, что оно не вполне освоено, а то, что образовано от личного имени. Ср.: в поселке Артем, от поселка Ерофей Павлович.  

Если в старой версии руководства не было этого раздела, то логично отнести определение именно к версии (то есть использовать форму включающую). Если раздел был и в старой версии, уместно согласовать определение с существительным руководства (включающего).

Если подлежащее выражено личным местоимением, а сказуемое — формой именительного падежа существительного, тире обычно не ставится. Однако оно возможно для того, чтобы показать на письме паузу между подлежащим и сказуемым, для акцентирования и сказуемого, и подлежащего.