Здесь верно слитное написание: Недопустимо употребление в пищу.
Наличие зависимых слов не влияет на слитное написание не с существительными (в отличие от причастий, которые при наличии пояснительных слов пишутся с не раздельно, а при отсутствии – слитно).
Оба варианта возможны.
Корректны оба варианта написания, как слитное, так и раздельное, однако в данном случае более логично именно слитное: что нескладно, то и неладно.
См.: https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pravila-russkoy-orfografii-i-punktuatsii/napisaniya-s-otritsaniem-ne; https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pravila-russkoy-orfografii-i-punktuatsii/slitnoerazdelnoe-napisanie-ne
Запятая после потому нужна. Составной подчинительный союз (потому что) расчленяется и запятая ставится между частями союза, если перед составным союзом есть усилительные, ограничительные и другие частицы, вводные слова, наречия (в данном случае – частица только).
