В данном случае правильным будет вариант: «организация передала в собственность городскому округу город Тобольск».
Если имеется в виду город в Республике Коми, то верно: Микунь, Микуни, Микуни, Микунь, Микунью, о Микуни.
О самом Милане: город Милан, коммуна Милан, провинция Милан. Но речь может также идти о коммунах Милана.
Правильно: в городе Елизово. Если слова город нет, возможны два варианта: в Елизове (предпочтительно) и в Елизово (допустимо).
Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, чаще не склоняются в сочетании со словом город: у города Межгорье.
Это сочетание лексически избыточно, т. к. значение слова первопрестольный - 'являющийся старейшей столицей'. Правильно: первопрестольный город или первая столица.
Название Миасс склоняется, в том числе корректно (хотя не обязательно) склонение в сочетании со словом город: в городе Миассе.
По-русски этот город традиционно называется Новый Орлеан (т. е. определение переводится на русский язык). Корректно использовать именно это название.
