См. в «Письмовнике».
Конкретно в сочетании Ставка Верховного Главнокомандования (в период Великой Отечественной войны) все три слова по традиции пишутся с большой буквы, что зафиксировано словарями. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? М., 2005.
Запятая после и не нужна.
Это частица.
Да, например: Война Севера и Юга (в США, ист.), Вооружённые силы Юга России (белая армия).
В разговорной речи такое употребление возможно.
Запятая и тире могут ставиться как единый знак и как сочетание знаков. Как единый знак запятая и тире возможны в сложном предложении, напр.: Даже вода взволновалась, – вот до чего взыгрались лягушки (Пришвин). Но чаще можно встретить сочетание запятой и тире, где каждый знак стоит на собственном основании, напр.: Важная задача, которую ставят перед собой организаторы олимпиады, – поддержать талантливую молодежь (запятая закрывает придаточное предложение, тире ставится между подлежащим и сказуемым).
Если это придаточные предложения, которые относятся к общему главному, то запятая перед и не нужна.
Знаки препинания расставлены верно.
Запятая не требуется.