Видимо, по невнимательности.
Форма тобою отнюдь не считается устаревшей. См., например:
Большой универсальный словарь русского языка
ТЫ, род. тебя и прост. тя, дат. тебе и прост. те, вин. тебя, твор. тобой и тобою, предл. тебе, мест. субст., личн. 2 л. ед. ч.
В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано следующее.
Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют:
а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни;
б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.;
в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни;
г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия.
Во всех остальных случаях они пишутся слитно.
В примере невидимые за листьями нет ни одного из условий для раздельного написания, поэтому нужно писать слитно.
Имя сказочного персонажа Мальчик с пальчик не обязательно писать с двумя дефисами. В академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, варианты Мальчик с пальчик и Мальчик-с-пальчик даны как равноправные.
Вариативность ударения слова порт во множественном числе зафиксирована Большим орфоэпическим словарем русского языка.
В форме на́чали ударение падает на первый слог, другое ударение невозможно.
Сочетание как родной обособляется потому, что это сравнительный оборот.
Невозможно дать ответ ни на один из вопросов, так как не назван глагол, управляющий этими двумя словами.
Между двумя глаголами в одинаковой форме, указывающими на движение и его цель, не ставится запятая: Тогда пойду перекушу.
Опечатка исправлена. Спасибо за замечание!