Правильно: на Москве-реке. См. в Горячей десятке вопросов.
Вы правильно понимаете это правило. Небольшое уточнение: обратите внимание на слово "обычно" в тексте "Письмовника". Это означает, что в ряде случаев возможно и склонение (согласование) топонима.
Верно: в городе Орле.
С большой буквы пишется только первое слово.
Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.
Правильно: в городе Элисте.
Правильно: в Саратове, в городе Саратове.
Правильно: в Краснодаре, в Воронеже.
Правильно: по городу расклеены афиши.
Правильно: в Москве и (в официально-деловой речи) в городе Москве.
