Запятая не нужна, так как придаточное предложение включено в ряд однородных компонентов: попасть… по согласованию и… если у них есть… См. § 115 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

На наш взгляд, формулировка становится более внятной, если принять Ваше предложение и избавиться от тавтологии:

Органы местного самоуправления обязаны:
— определять должностных лиц и (или) органы, уполномоченные осуществлять отдельные государственные функции.

Здесь всё зависит от того, идет речь об одном и том же договоре или о двух разных. Если это один и тот же договор, союз или имеет значение «то есть» и перед ним ставится запятая. Если это разные договоры, союз или имеет разделительное значение и перед ним запятая не нужна.

Сказуемое согласуется с подлежащим порядок, которое стоит в единственном числе, поэтому правильно устанавливается. Оборот с союзом в том числе представляет собой присоединительную конструкцию.

Знаки препинания расставлены правильно.

Да, тире уместно. 

Вы правы, с точки зрения русского языка сочетания исполнять полномочия и исполняющий полномочия некорректны. Несмотря на это, они зафикисированы в некоторых официальных документах, в частности Федеральном законе «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».

Верно: выполняет задачи и обладает полномочиями. В перечне лучше написать: задачами и полномочиями... являются (далее в им. п.).

После слова полномочия следует поставить точку. 

Для расстановки знаков препинания в данном предложении нужно руководствоваться таким правилом: обороты с союзом как в знач. «в качестве» не обособляются.