Слово атом появилось в русском языке в начале XVIII века и произносилось двояко: а́том и ато́м. Прилагательное атомный фиксируется в начале XX века, оно было характерно для научной речи и имело ударение именно на втором слоге: ато́мный. Современное произношение прилагательного с ударением на первом слоге утверждается в общеупотребительном языке во второй половине XX века. Современная норма характеризует произношение ато́мный как устаревшее и профессиональное. Уместность такого употребления в профессиональной среде определяет сам говорящий, исходя из конкретной речевой ситуации.

Корректно: H₂O, превращенное в льдинку.

Кавычки не нужны.

Такой вариант записи допустим.

Правила русского языка на этот счет не распространяются. Такой отсчет (относительно нуля) принят в математике.

Возможность или невозможность такой замены зависит от конкретного контекста.

Еще раз повторим: в интересующих Вас контекстах корректны как форма мной, так и форма мною. Вариант мной стилистический нейтрален, вариант мною носит книжный оттенок.

Да, запятая нужна.

Общего правила передачи для всех иноязычных многокорневых слов (словосочетаний) не существует. Освоение иноязычного слова предполагает следующее: прежде чем получить кодифицированную орфограмму в русском языке, оно должно стать достаточно употребительным в письменной практике. Тогда в процессе употребления постепенно сформируется его написание, которое может стать нормой (но этого может и не случиться — бывает, что слово выходит из употребления, так и не освоившись). В данном случае о каком-либо «правильном» написании говорить преждевременно, поскольку интересующее Вас слово (словосочетание) совершенно не освоено. Нередко этимологически пишущиеся раздельно англицизмы приобретают в русском языке дефисное написание (а иногда даже слитное, но Ваш пример — точно не такой случай). Что касается удвоенных согласных, они часто сохраняются и при передаче по-русски, но иногда упрощаются. Предпочтительным на данном этапе представляется вариант камеди-бадди, но единственно верным написанием считать это нельзя.

При передаче устной речи используются, как правило, названия букв, например: Что ж, здравствуйте, девятый «вэ», — сказал он (А. Иванов); Тебе тоже нужно: «а» — привыкнуть, что ты «крайняя»; «бэ» — натренироваться четко координировать работу в этом стрессе; «вэ» — спланировать и организовать дело так, чтобы стресса не было; «гэ» — делегировать полномочия и работу (П. Акимов).

Соответственно, рекомендуем такое оформление диалога:

— Вот как вы поступите, если встретите на улице молодую симпатичную женщину? «А» — пройдете мимо, «бэ» — посмотрите ей вслед, «вэ» — пригласите ее к себе домой на чашечку кофе со всеми вытекающими из этого последствиями. Отвечайте не раздумывая.
— Не раздумывая — не смогу, потому что «а» — мне неясно, какие последствия могут вытечь из чашечки кофе, «бэ»...

Обратите внимание, что при передаче устной речи местоимение вы, даже обращенное к одному лицу, принято писать со строчной буквы.