В подписи к письму верно:
С уважением,
Иван Иванов.
В русской пунктуации не принято ставить запятую перед открывающей скобкой, даже если текст в скобках относится не только к выделяемому запятыми обороту, но и ко всему предложению; запятая ставится после закрывающей скобки: Положение об оплате труда работников ИО РАН, утвержденное приказом № 5 от 09.01.2024 г. (далее — Положение), определяет...
Верно: и. о. генерального директора.
Согласно ГОСТ Р 7.0.97-2016 "Национальный стандарт Российской Федерации. Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов" (утв. Приказом Росстандарта от 08.12.2016 N 2004-ст) (ред. от 14.05.2018) при именовании адресата в деловых документах соблюдается следующий порядок: Фамилия И.О.
Правильно: и. о. директора.
Об этом свидетельствуют: 1) начальная гласная Э; 2) гласные ИО, идущие подряд в середине слова.