Должность и звание — неоднородные приложения: Директор детской школы искусств профессор И. И. Иванов.

Действительно, между этими двумя рекомендациями есть некоторое противоречие. Однако обратим внимание, что во второй группе примеров все дефисные конструкции стоят на втором месте, т. е. выполняют функцию определения. В первой группе примеры различаются: студент-медик — альпинист имеет обратный порядок компонентов, а оставшиеся два — такой, как в предыдущей группе. Это может иметь значение, поскольку альпинист здесь является приложением к конструкции с приложением (медик), а это требует паузы при произнесении и постановки знака тире. В остальных случаях, на наш взгляд, тире можно не ставить.

Добавим, что за разъяснениями приведенного Вами правописного решения Вы можете обратиться непосредственно к авторам «Русского правописания с комментариями» (их электронные адреса есть на сайте Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН в разделе «Сотрудники») и всё узнать, так сказать, из первых рук.

Возможны разные решения, можно склонять, можно не склонять (более формальный вариант).

В дореформенной орфографии: мировой посредникъ (не мiровой), как и мировой судья. Это означает, что прилагательное здесь произведено от слова миръ ‘покой’, но не от слова мiръ ‘община’.

Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям: Офицер отдельного гвардейского полка ВДВ гвардии подполковник Иван Иванов родился в Москве.

Корректно: управляющий театром «Грушевый сад».

Верно: принята на должность заведующей лабораторией.

Тире корректно, оно отделяет пояснительные обороты в конце предложения.

В языке современных средств массовой информации встречается наименование помощница генерального директора. Однако в официальных документах при обозначении соответствующей должности предпочтительно использовать слово мужского рода — помощник генерального директора.

Название должности пишется в соответствии с названием департамента, употребление прописных букв не требуется: руководитель департамента нефти, газа и энергетики (если департамент называется так).