Если аббревиатура ЖЭС обозначает жилищно-эксплуатационную службу, то это слово женского рода: ЖЭС умыла руки. 

Оба варианта правильны, но имеют разные значения.
Вариант взять карту в руку означает буквально взять карту и держать её в руке. Также в литературном языке имеется выражение взять карту на руки — то есть получить (медицинскую) карту лично, будучи ее владельцем. Вариант «взять карту на руку» используется в карточных играх как профессионализм и означает взять карту для последующего использования в игре.

Слово, написанное заглавными буквами, не всегда является аббревиатурой. Например, в названиях компаний, брендов, в именах собственных использование заглавных букв может быть обусловлено требованиями уникальности и узнаваемости (самый распространенный пример — названия морских и воздушных судов). Также в различных областях науки и техники могут использоваться специфические термины, написанные заглавными буквами, которые не являются аббревиатурами. За более подробной информацией можно обратиться к словарям и справочникам по русскому языку, а также к специализированной литературе в соответствующих областях знаний.

Глаголы выпекать и жарить переходные, то есть требуют дополнения в винительном падеже без предлога; в данном случае в роли этого дополнения выступает местоимение которые. Во втором варианте форма винительного падежа этого местоимения совпадает с формой родительного, а такое бывает только в том случае, если оно заменяет одушевленное существительное, что совершенно точно не применимо к чипсам. Следовательно, грамматически  верны только варианты с формой которые — в них винительный падеж совпадает с именительным. Это первый и третий вариант. Первый неудачен стилистически именно из-за совпадения форм падежей: в нем может быть прочитано сообщение о том, что  чипсы что-то выпекают и жарят, то есть являются активным деятелем.

Слово наоборот в данном случае вводное, его нужно выделить запятыми: Все эти звуки не нарушали тишины, а, наоборот, вгоняли природу в дремоту.

Слово несмолкающий является причастием, обозначающим признак предмета по действию. Обычно сочетается с существительными, называющими различного рода звуки (шепот, гром, сигнал тревоги и т. д.). Причастие может быть употреблено с зависимыми словами: постепенно смолкающий гул, не смолкающий на дороге гул. Образовано от глагола смолкать. От этого же глагола образовано прилагательное несмолкаемый.

Действительно, на постановку знаков препинания при оборотах с производными (непервообразными) предлогами влияют разные факторы. В приложении 1 «Справочника по пунктуации» говорится, что такие обороты обычно обособляются, если «находятся не в начале и не в конце предложения». Из этого не следует, что в начальной или конечной позиции в предложении они никогда не могут быть выделены.

Позиция начала предложения является особенной для оборотов с производными предлогами. Судя по всему, здесь их необходимо выделить только в том случае, если требуется обозначить границы оборота, чтобы предложение не выглядело двусмысленным:

Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ.

В других случаях обособление оборотов с производными предлогами в начале предложения не требуется. 

Ваш вариант пунктуационного оформления предложения представляется вполне допустимым.

Возможны две формы наименований подобного типа: с согласуемым собственным названием, которое пишется без кавычек, и с несогласуемым названием, которое заключается в кавычки. То есть корректны варианты: 

Утверждено к печати ученым советом Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института монголоведения, буддологии и тибетологии Сибирского отделения Российской академии наук; 

Утверждено к печати ученым советом Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Институт монголоведения, буддологии и тибетологии Сибирского отделения Российской академии наук».

Выбрать нужно тот вариант, который соответствует официальному названию учреждения. 

Вы написали это сочетание правильно: не с руки.