Вы совершенно правы. Если вводное слово (сочетание) стоит в начале или в конце обособленного оборота (обособления, уточнения, пояснения, присоединения), то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется. 

Чередование о // а регулярно происходит в корнях глаголов при присоединении к ним суффикса -ива/-ыва (со значением длительного или регулярно повторяющегося действия): ходить/хаживать, носить/нашивать и т. п. Однако из этого правила есть исключения. Например, для пары оспоривать/оспаривать еще в первой половине XIX века был нормативен только первый вариант ("Хвалу и клевету приемли равнодушно / И не оспоривай глупца”, А. С. Пушкин). Сегодня нормативны только варианты приурочивать, уполномочивать, подытоживать, просрочивать, узаконивать, упрочивать.

Чередование т // ч также относится к историческим, оно происходило под влиянием звука [j], например: свет > свет + ja > свеча.

Словари Вас не обманули, при написании эссе автор сам продумывает композицию. Некоторые рекомендации по этому поводу (правда, на школьном уровне) можно найти [здесь].

Построение фразы ничуть не мешает слитному написанию :)

Запятая перед чтобы необходима, а во избежание двусмысленности можно перестроить предложение. 

Предложение стилистически некорректно, его части плохо связаны по смыслу между собой.

Верная пунктуация: Особо следует подчеркнуть 10-летний опыт хирургии травм селезенки, и при этом ретроспективный анализ не выявил ни одной посттравматической кисты.

В этом предложении запятая перед "которые" необходима. Она ставится для отделения придаточного предложения от главного. Подчеркнуть, что придаточное относится к слову "людей", можно другими средствами, например: Люди, которые считают, что они все знают, так раздражают нас — людей, которые действительно все знают!

Оба варианта (начать процедуру копирования и запустить процедуру копирования) корректны. Обратите внимание, что такие формулировки обычно используются в технических или официально-деловых текстах.