Корректно: Томский российско-немецкий дом, администрация Томской области, проект "Российско-немецкая молодежная академия", "академовцы", департамент образования Томской области.

Предлог изо употребляется перед формами родительного падежа существительных лев, лёд, лён, лоб, ложь, мох, ров, рожь, рот, в которых представлены начальные сочетания «ль, л, м, р + согласная». Также этот предлог наряду с из употребляется перед формами всего, всей, всех. В рассматриваемом примере возможно как из всей, так и изо всей, ни один из вариантов не является ошибочным.

В русском языке не существует «концепции Розенталя», «концепции Лопатина» и иных «именных» противоборствующих концепций. Есть грамматическая норма, зафиксированная в словарях и справочниках.

Согласно грамматической норме современного русского языка географическое наименование, употребленное с родовыми наименованиями город, село, станция, поселок, река и т. п., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование: на берегу реки Волги, в г. Астрахани. Несклонение топонимов характерно для официально-деловой речи, для канцелярских текстов, но нормативным его считать нельзя.

Род аббревиатур обычно определяют по опорному слову в расшифровке аббревиатуры или же по родовому слову: НАТО (альянс) постановил, МГУ (университет) принял новых студентов, СНГ (содружество) выступило с инициативой, ЮНЕСКО (организация) объявила 2009 год Годом Гоголя.

В случае с такими аббревиатурами, как Росмолодежь, Минспорттуризм и т. п., род определяется по несокращенному компоненту (молодежь - ж. р., туризм - м. р.).

Больше информации о грамотном употреблении аббревиатур в тексте можно найти в статье Как склонять аббревиатуры.

Р. п. - Староконя, д. п. - Староконю, в. п. - Староконя, т. п. - Староконем, п. п. - о Староконе. 

На первый вопрос ответить можно, лишь зная контекст. Форма гостиная может выступать в тексте и как форма прилагательного (им. п., ж. р., ед. ч.), и как форма существительного (им. п., ед. ч.).

Теперь о написании. Две Н в слове гостинный пишется только в том случае, если перед нами - производное от существительного гостиная ("комната для приема гостей"): гостинная мебель, гостинный завсегдатай. В остальных случаях пишем с одной буквой Н: гостиный корпус, гостиный флигель (т. е. предназначенный для гостей).

Возможный вариант: госпожа Чистые Руки.

Мужская фамилия Карась склоняется, правильно в дательном падеже: Карасю.

Самое интересное, что от существительного колено можно образовать существительное среднего рода - коленце. Существительное женского рода коленка относится к первому школьному склонению, оно не может употребляться в среднем роде.

Правильно: шприцев и (в профессиональной речи) шприцов.